世界各地的重要人士不断遭到杀害,各国情报组织却只有极少的线索,Weiβ决定潜入可能跟事件有关的一所菁英培育学校恒娅学园进行调查工作。恒娅学园与周边设施自成一个社区,表面上在学园掌权的是稻桓总主任和特别班级G班的优秀学生藤堂,但是背后似乎有更大的无形势力在操控。榭那和兰混进学园的不久,发现学校用电脑保护程式替学生进行洗脑的工程,但更进一步的资讯则藏在层层保护下的神秘特别班级……
榭那的同班同学希美进入S班之后,无法适应严苛的洗脑式教育,情况越来越糟。希美在图书馆遇到榭那时向他求救,不愿意回到S班,却出现了一群带面具的学生企图强行带走希美,幸好兰及时赶到化解了危机。当市长到学园视察时,惹得天才学生也是学校实际掌权者藤堂不高兴,视察结束回去市府途中就发生车祸惨死在车内。希美回到普通班级后仍然被洗脑影响很不快乐,榭那虽然试着帮助她却仍然无法阻止她跳楼自杀……
希美的死让榭那非常自责并决心为希美讨回公道,不听Weiβ同伴的劝告执意要找藤堂算帐。另一名Weiβ的成员京,则忍下为弟弟报仇的冲动,继续调查的任务。榭那找到藤堂之后,却被藤堂巧妙的说词所误导而中了藤堂的借刀杀人之计,把仇恨都转移到总主任稻桓身上,遂不顾命令擅自决定杀掉稻桓,兰和京闻讯前往阻止却为时已晚,而且榭那在杀了稻桓才发现稻桓竟然是他的……
榭那在中了藤堂的借刀杀人之计杀了稻桓之后,藤堂藉此机会想要掌握恒娅学园所有的资源,软禁教师宣布学园独立,并且煽动学生追捕叛徒榭那,想藉此引出潜入校园的其他Weiβ成员。藤堂掌握了学园所有资讯之后,发现除了S班和G班之外,还有神秘的Z班以优生学的方法制造超级人类。京看见榭那被学生追捕陷入险境,不顾身分曝光挺身而出
京为了救榭那而身陷危机,只好挟持藤堂的助理美崎冲出重围,G班的学生为了营救美崎只好暂时放下监视教师的任务,趁机逃出教室的老师,并且安抚学生让暴动暂时告一段落。藤堂知道了Z班的秘密之后前往Z班的实验室一探究竟,却在那里看见了和他长得一模一样的复制人,并且得知他自己也是复制人的真相,此时京也赶到Z班的实验室。藤堂在无法接受自己是复制人的事实之下举刀自杀,京也意外遇到Z班所培养,令人前所未见的强劲对手……






导演:子安武人



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